Thématiques

Axes de recherche et groupes thématiques

Le but de ce GdR est de favoriser le partage de compétences entre équipes de recherche afin d’étudier les grandes fonctions cellulaires au travers des localisations, des dynamiques et des interactions de molécules d’intérêt (protéines, acides nucléiques,…) dans les cellules vivantes, les tissus et les organismes. Il existe actuellement de forts verrous technologiques qui limitent nos investigations fonctionnelles dans la cellule vivante. La nature de ces difficultés est partiellement indépendante des sujets biologiques. Pour les dépasser, nous proposons de développer au sein du GdR des approches méthodologiques et technologiques, transversalement aux axes biologiques.

Nous proposons 5 axes de recherche ou approches technologiques transversales :

    1. Architectures et dynamiques à l’échelle nanométrique :
    Super-résolution photonique, CLEM, AFM, nouvelles sondes, quantification, mécanique moléculaire en cellule, plasticité membranaire et dynamique des récepteurs, interfaces cellulaires, biomécanique, synapse, architecture des machineries moléculaires, relations hôtes/parasites, biofilms,…
    Coordination: Sandrine Levêque-Fort , Ignacio Izzedine

    2. Mesures, modélisations des dynamiques et interactions moléculaires :
    Régulation des réseaux et études des assemblages supra moléculaires. Modélisation et simulations numériques des dynamiques moléculaires en cellules vivantes, développement de nouvelles approches quantitatives et de nouvelles méthodes de traitement des données pour leur analyse, biosenseurs et mesure des activités moléculaires et du milieu intracellulaire, dynamique des réseaux de régulation et de signalisation.
    Coordination: Hugues Berry et Cyril Favard

    3. Contrôle et interactions aux différentes échelles du vivant:
    optogénétique, couplage avec les imageries profondes, contrôle et mesure de l’environnement cellulaire (bioprinting, microfluidique), organoïde, mécanobiologie, signalisation et régulation, transcription, voie de signalisation.
    Coordination: Laurent Heliot

    4. Physique pour l’imagerie en biologie:
    Mise en forme de faisceau, amélioration des sondes moléculaires, biosenseurs, imageries sans marquage, imagerie vibrationnelle, photoacoustique, endoscopie, imagerie multi-échelle/inter-modale, imagerie en profondeur, biologie du développement, neuroscience, différentiation cellulaire en tissus, « Voir sans perturber le vivant ».
    Coordination : Serge Monneret, Lydia Danglot

    5. BioImage-informatique
    Analyse d’image, traitement du signal, images multimodales, multidimensionnelles, résolution de problèmes inverses, méthodes de fouilles de données multimodales/multi-échelles et d’extraction de connaissances, big-data, fusion de données en microscopies corrélatives, combinaison avec les données de spectrométrie de masse, visualisation augmentée multidimensionelle, modélisation et simulation des mécanismes cellulaires, adaptation aux changements environnementaux, organisations multicellulaires et pluricellulaires.
    Coordination: Thomas Walter, Charles Kervrann

    Actions transversales: Fréderic Bolze

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Actions Thématiques

Des actions thématiques permettront de renforcer certains axes de travail ; elles visent à associer des équipes ayant un besoin technologique, une question biologique ou une approche commune. L’objectif des actions thématiques est de permettre une synergie entre les équipes sur un projet défini pendant un temps limité.. Cela se traduit par des réunions de travail, des bourses de mobilités, la production de documents de synthèse et de publications. Ces actions sont déstinées à fédérer l’ensemble des membres du GdR et auront lieu pendant toute la durée de l’existence du GdR. La liste des actions thématiques est disponible à la rubrique Evénement > Actions thématiques.
Nous proposons également la mise en place de formation pour les étudiants et personnels statutaires par l’organisation de colloques et symposiums, d’écoles thématiques et de cycles de formation en partenariat avec les écoles doctorales.